A etapa discipular, é o período em que o seminarista é chamado pelo Senhor a ficar com Ele (Mc 3,14), e aprender d’Ele o sentido do seguimento. Nesse caminho pedagógico espiritual do discipulado, o seminarista é chamado a ser testemunha de Cristo no cotidiano e na realidade em que se encontra. Nessa etapa também, o seminarista inicia os seus estudos filosóficos, estudos esses importantes para desenvolver o pensamento crítico, reflexões pessoais e comunitárias.

Segundo a Ratio Fundamentalis, “a atenção especial para a dimensão humana, em harmonia com o crescimento espiritual, ajudando o seminarista a amadurecer a decisão definitiva de seguir o Senhor no sacerdócio ministerial e no acolhimento dos conselhos evangélicos” (nº 62). Nesse sentido, o seminarista é chamado a desenvolver, com a ajuda do seu Formador, Diretor Espiritual e até do Psicólogo, uma maturidade sólida, física, psico-afetiva e social, capaz de integrar todo o seu ser em favor da sua formação.