Permaneceu na referida diocese até o ano de 1955, quando foi nomeado, pelo mesmo papa, primeiro bispo residencial da recém-criada Diocese de Sete Lagoas (MG), em 7 de novembro de 1955.
Enquanto bispo residencial de Sete Lagoas, participou da Primeira (1962) e da Segunda (1963) Sessão do Concílio Ecumênico Vaticano II, em Roma.
Bispo de Guaxupé
No dia 2 de abril de 1964, o Papa Paulo VI nomeou-o bispo residencial de Guaxupé. A notícia de nomeação foi recebida com espírito de fé e de sincera alegria, pois se tratava de um bispo muito estimado e já conhecido de todo o clero diocesano, para o qual havia pregado um retiro espiritual.
No dia 1º de maio do mesmo ano, Dom José tomou posse canônica. Segundo os arquivos da Cúria da Diocese de Guaxupé, a data da posse, memória litúrgica de São José Operário, escolhida por ele próprio. O intuito foi demonstrar, juntamente com seu amor pela beatíssima Virgem Maria, fixado em seu brasão episcopal (IpsaConteret), o sentido eminentemente social do seu apostolado na diocese.
Sua excelência chegou às 17 horas na sede episcopal de Guaxupé, vindo de Pouso Alegre (MG), acompanhado pelo arcebispo metropolitano de Pouso Alegre, Dom José D’Angelo Neto. Foi recebido nos limites da Diocese de Guaxupé (estrada Guaxupé/Tapiratiba). Em frente ao Palácio Episcopal, o esperavam o respeitado cabido, o clero diocesano, os seminaristas, representantes de vários bispos e Dom Tomás Vaquero, bispo da Diocese de São João da Boa Vista (SP). Após calorosas aclamações, formou- -se um cortejo rumo à Catedral Diocesana, onde se realizou a cerimônia de posse.
Dom José de Almeida, paramentado, de mitra e báculo, sob o pálio, dirigiu-se à Catedral. As escadarias estavam totalmente tomadas pelo povo. Chegando à Catedral, sua excelência dirigiu-se à capela do Santíssimo, onde rezou pela diocese por alguns minutos. Em seguida, fez uma devota visita ao túmulo de Dom frei Inácio João Dal Monte, OFM Cap, na cripta, enquanto o coro entoava o Te Deum . Depois, dirigiu-se à cátedra, e foi lida a bula de sua nomeação. Em sua homilia, comentou suas disposições essencialmente espirituais, na diocese, que deve ser uma comunidade de fé autêntica (a fé sem obras é morta) e uma comunidade de caridade. À noite, foi servido um jantar no Seminário, onde mais uma vez o bispo recém-empossado recebeu homenagens do clero. Na ocasião, Dom José disse o seu desejo de uma união de fé e caridade entre o bispo e o clero.
Enquanto bispo residencial de Guaxupé, participou da Terceira (1964) e da Quarta (1965) Sessão do Concílio Ecumênico Vaticano II, em Roma.
Sobre a ação pastoral de Dom José de Almeida na Diocese de Guaxupé, padre José Luiz Gonzaga do Prado afi rma: “Foi uma época muito difícil. Foi um clima de abertura e de mudança, mudar tudo. Ele [Dom José de Almeida] repetia: ‘o que não se renova morre. Tem que renovar a Igreja’. Havia uma questão bem clara: reforma (externa): mudança, imagens, altar, português; renovação (interna): mentalidade, espírito. Isso era muito forte. A pastoral no tempo dele era referência no Regional Leste 2, da CNBB. Material de catequese, da Diocese de Guaxupé, foi vendido para o Brasil inteiro. Houve um trabalho árduo. Outros ficavam só com a reforma, foi um problema. Os mais velhos sofreram por isso. Houve um período forte de incentivar o Ensino Religioso no primário. Ele preparou um material. A ideia era a própria professora trabalhar o material na escola”.
Ainda, segundo o padre, “Dom José de Almeida incentivava o clero a estudar. Foi ele que criou os quatro primeiros setores pastorais na Diocese: Guaxupé, Passos, Poços e Alfenas”.
De acordo com Maria do Carmo Noronha, expoente dos leigos na diocese, Dom José de Almeida era um homem de grande personalidade, simples, convicto de sua fé. Ela, que trabalhou na equipe central de catequese, afirma que o referido bispo mostrava grande interesse pela catequese em toda a diocese.
Renúncia, novas atuações e últimos anos
Embora não tivesse completado 75 anos de idade, Dom José de Almeida pediu renúncia ao Papa Paulo VI. Seu pedido foi aceito em 16 de janeiro de 1976.
Emérito, continuou solícito e colaborou de forma admirável com a Diocese de Nova Friburgo (RJ), onde passou a residir. Assumiu por vários anos a Paróquia de São José do Ribeirão, distrito de Bom Jardim. Ao completar 75 anos, deixou a paróquia e foi residir em Nova Friburgo. Escreveu algumas obras: “O Homem, desafi o de hoje e sempre”; “Catequese bíblica do rosário da Virgem”; “Introdução à sociologia” (pro manuscripto); e “História de São José do Ribeirão (RJ)”.
Dom José de Almeida Baptista Pereira faleceu numa sexta-feira, 30 de janeiro de 2009, por volta das 18h, no Hospital Unimed, em Nova Friburgo, vítima de câncer nos pulmões. Estava com 91 anos.
O seu corpo foi velado na Catedral Diocesana São João Batista, em Nova Friburgo, e o sepultamento ocorreu no dia seguinte, na mesma Catedral, após a Missa de Exéquias.
Era um homem que lia muito. Mesmo com a idade avançada, estava lúcido e atualizado. Foi exemplo de um pastor dedicado que soube amar e servir na gratuidade, como bispo auxiliar de Niterói e nas dioceses mineiras de Sete Lagoas e Guaxupé.
Monsenhor Hilário Pardini confirma isso: “Dom José cumpriu com fidelidade essa grandiosa missão de orientar na diocese a aplicação do Concílio Vaticano II. Agiu sempre com firmeza e mansidão, com decisão e paciência, com determinação e respeito pelas pessoas. Sem ferir ninguém, sem provocar dissensões e sem quebrar a unidade, as modificações foram introduzidas, a mentalidade mudou, a Igreja diocesana tomou outro aspecto, mais de acordo com os ideais do Evangelho explicitados pelo concílio”.
Dom José de Almeida foi um bispo que participou, acreditou e vivenciou o espírito do Concílio Ecumênico Vaticano II. Por mais de onze anos de seu apostolado na Diocese de Guaxupé, persistiu com sabedoria e inteligência, coragem e determinação, para que os ensinamentos do Vaticano II fossem aplicados. Para isso, incentivou a execução de um Plano de Ação Pastoral.