Depois de três anos de proveitoso apostolado auxiliando Dom Pio de Freitas, em Joinville (SC), foi nomeado bispo residencial da Diocese de Guaxupé, no dia 21 de maio de 1952. Também narra em sua Oitava Carta Pastoral: « Finalmente a mesma voz nos colocou nesta diocese a apascentar estes bons filhos e a cuidar da porção mais escolhida, sacerdotes e seminaristas ». No domingo, 7 de setembro do mesmo ano, tomou posse durante uma cerimônia realizada no Palácio Episcopal, perante inúmeras pessoas. Segundo o historiador Wilson Remédio Ferraz, em 1953,
Dom Inácio iniciou o movimento para a implantação do orfanato “Casa da Criança”, que ele próprio comenta: « não será preciso dizer que os guaxupeanos estão convocados para levar avante uma das mais nobres campanhas para um dos mais dignificantes fins, a formação, amparo e educação das órfãs ». Ele ainda dizia: « nunca o problema dos menores, principalmente os órfãos, exigiu imediata solução como nos tempos atuais. Em se tratando de órfãs, principalmente, é de se dar a elas toda a atenção. Ampará-las é dar-lhes formação, através de estabelecimento próprio, resguardando-as assim dos perigos que as cercam; é tarefa das mais grandiosas. E por assim dizer uma das maiores obras de caridade ».
Celebrando na Catedral, em 29 de novembro de 1953, o bispo anunciou que a Câmara Municipal havia autorizado a doação, ao bispado, de uma área localizada na Praça dos Expedicionários. Nesse local se instalaria o Instituto Dr. José Costa Monteiro (Casa da Criança), para abrigo e educação de meninas pobres. Naquela mesma data ele ainda mencionava: « os gestos dos Poderes Municipais vêm de encontro à iniciativa, prestigiando-a com o seu apoio. Repercutiu muito bem em todas as classes sociais, dada a alta finalidade do novo instituto, qual a de formar as futuras mães de família, enfim a mulher virtuosa e digna, capaz de sustentar e elevar as tradições da boa família mineira, na excelência de sua fé e de seus sentimentos ».
Nas décadas de 50 e 60, foi construído o prédio para o Seminário São José (atual prédio do Centro Universitário da Fundação Educacional Guaxupé) e, para isso, Dom frei Inácio incansavelmente percorreu toda a diocese em busca de recursos financeiros. Em 1960, concluiu-se a construção da atual Catedral Diocesana de Nossa Senhora das Dores (iniciada em 15 de setembro de 1943, por Dom Hugo Bressane de Araújo) e solenemente dedicada pelo núncio apostólico no Brasil, Dom Armando Lombardi, no dia 19 de março. Dom frei Inácio muito contribuiu para o término da obra.
No dia 23 de setembro de 1962, Dom frei Inácio esteve presente à instalação canônica da Província Eclesiástica de Pouso Alegre (MG), à qual Guaxupé passaria a pertencer. De 11 de outubro a 8 de dezembro de 1962, participou da Primeira Sessão do Concílio Vaticano II, em Roma.
